Effets d'une infection et d'une vaccination antérieures sur les infections symptomatiques à l'omicron |  NEJM

Effets d’une infection et d’une vaccination antérieures sur les infections symptomatiques à l’omicron | NEJM

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Population étudiée et sources de données

L’étude a été menée auprès de la population résidente du Qatar. Nous avons analysé les informations des bases de données nationales fédérées sur les vaccinations Covid-19, les tests de laboratoire, les hospitalisations et les décès. Ces données ont été extraites de la plateforme nationale intégrée d’information sur la santé numérique. Les bases de données contenaient toutes les données liées au SRAS-CoV-2 et les informations démographiques connexes depuis le début de la pandémie. Ces bases de données contiennent, sans aucune information manquante, les résultats de tous les tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) et, plus récemment, des tests antigéniques rapides effectués dans les établissements de santé à compter du 5 janvier 2022.

Tous les tests PCR effectués au Qatar (mais pas les tests antigéniques rapides) sont classés en fonction des symptômes et de la raison du test. De tous les tests PCR effectués au cours de cette étude, 19,2 % ont été effectués en raison de symptômes cliniques. Le Qatar a une population inhabituellement jeune et diversifiée – seulement 9% de ses résidents sont âgés de 50 ans ou plus et 89% sont des expatriés de plus de 150 pays.dix Le Qatar a commencé son programme de vaccination contre le Covid-19 en décembre 2020 avec les vaccins BNT162b2 et ARNm-1273.11 De plus amples descriptions de la population étudiée et des bases de données nationales ont déjà été publiées.4:10-15

étudier le design

L’étude a évalué l’efficacité d’une infection antérieure, d’une vaccination avec BNT162b2 ou ARNm-1273 et d’une immunité hybride (infection antérieure et vaccination) contre une infection symptomatique par BA.1, BA.2 et toute infection par Omicron.2:15-18 Nous avons utilisé une conception cas-témoins à test négatif dans laquelle les estimations d’efficacité ont été dérivées en comparant les probabilités d’infection ou de vaccination antérieures, ou les deux, parmi les participants au cas (individus positifs au test PCR) par rapport aux témoins (individus négatifs au test PCR). . .2:15-18 Nous avons également évalué l’efficacité sur chaque cas grave, critique ou mortel de Covid-19.

Pour estimer l’efficacité contre les infections symptomatiques, nous avons étroitement apparié les cas et les témoins identifiés du 23 décembre 2021 au 21 février 2022. Les participants aux cas et les témoins ont été appariés selon un rapport 1: 1 selon le sexe, le groupe d’âge de 10 ans, la nationalité et la semaine civile du test PCR. Une correspondance a été effectuée pour contrôler les différences connues dans le risque d’exposition au SRAS-CoV-2 au Qatar.10,19,20 Il a déjà été démontré que l’appariement de ces facteurs fournit un contrôle adéquat des différences de risque d’exposition au SRAS-CoV-2 dans des études de conceptions différentes qui incluaient tous les groupes témoins, tels que : B. Études cas-témoins avec test négatif.11,12,15,21,22 Pour évaluer l’efficacité dans chaque cas grave, critique ou mortel de Covid-19, nous avons utilisé un rapport d’appariement de 1:5 pour améliorer la précision statistique des estimations.

Seul le premier test PCR positif identifié pour un participant individuel au cours de la période d’étude a été inclus, mais tous les tests PCR négatifs ont été inclus. Les témoins comprenaient des sujets sans enregistrement d’un test PCR positif pendant la période d’étude. Seuls les tests PCR effectués sur la base des symptômes cliniques ont été utilisés dans les analyses.

La réinfection par le SRAS-CoV-2 est classiquement définie comme une infection documentée survenant au moins 90 jours après une infection précédente, pour éviter de mal interpréter la positivité PCR prolongée comme une réinfection lorsqu’un intervalle de temps plus court est utilisé.2.23 Une infection antérieure a donc été définie comme un test PCR positif survenu au moins 90 jours avant le test PCR utilisé dans l’étude. Les tests pour les individus avec des tests PCR positifs survenus dans les 90 jours précédant le test PCR utilisé dans l’étude ont été exclus. En conséquence, les infections précédentes dans cette étude ont été considérées comme étant dues à des variantes autres qu’Omicron, car elles se sont produites avant la vague d’Omicron au Qatar.2-4

Les tests PCR pour les personnes ayant reçu des vaccins autres que le BNT162b2 ou l’ARNm-1273 et les tests pour les personnes ayant reçu des vaccins mixtes ont été exclus des analyses. Les tests survenus dans les 14 jours suivant une deuxième dose ou dans les 7 jours suivant une troisième dose de vaccin ont été exclus. Ces critères d’inclusion et d’exclusion ont été mis en place pour permettre le développement de l’immunité après la vaccination4.14 et de minimiser les différents types de biais potentiels, comme indiqué par les analyses précédentes dans la même population.12:22 Tout témoin répondant aux critères d’inclusion et pouvant être attribué à un cas a été inclus dans les analyses.

Nous avons comparé cinq groupes au groupe qui n’avait pas d’infection antérieure et pas de vaccination. Les cinq groupes ont été caractérisés par le type d’exposition : infection antérieure et aucune infection antérieure, vaccination à deux doses et infection antérieure, vaccination à deux doses et infection antérieure, vaccination à trois doses et aucune infection antérieure, et vaccination à trois doses et infection antérieure. Les groupes ont été définis en fonction du statut des événements immunologiques antérieurs (infection ou vaccination antérieure) au moment du test PCR.

classification de sévère,8ème critique,8ème et mortel9 Les cas de Covid-19 ont suivi les directives de l’Organisation mondiale de la santé et des évaluations ont été effectuées par du personnel médical formé à l’aide d’examens de dossiers individuels dans le cadre d’un protocole national appliqué aux patients hospitalisés atteints de Covid-19. Les détails de la classification de gravité, de criticité et de mortalité de Covid-19 sont fournis dans la section S1 de l’annexe supplémentaire.

Méthodes de laboratoire et détermination des sous-variantes

La grande vague d’Omicron au Qatar a commencé le 19 décembre 2021 et a culminé à la mi-janvier 2022.2-4 Un total de 315 échantillons aléatoires positifs au SARS-CoV-2 collectés du 19 décembre 2021 au 22 janvier 2022 ont subi un séquençage viral du génome entier sur un séquenceur GridION (Nanopore Technologies). Parmi ces échantillons, 300 (95,2 %) ont été confirmés comme étant des infections à Omicron et 15 (4,8 %) comme étant Delta (ou B.1.617.2).1 infections.2-4 Sur les 286 infections à Omicron avec un statut de sous-variant confirmé, 68 (23,8 %) étaient BA.1 et 218 (76,2 %) étaient BA.2.

Nous avons utilisé le kit combiné TaqPath COVID-19 (Thermo Fisher Scientific) qui teste le gène SARS-CoV-2 spike (S) et la mutation 69-70del du gène S,24 pour identifier les infections BA.1 et BA.2. L’échec de la cible du gène S a été utilisé comme indicateur de l’infection BA.1 et l’échec de la cible du gène non S a été utilisé comme indicateur de l’infection par BA.2. Plus de détails sur les méthodes de laboratoire pour les tests PCR quantitatifs en temps réel de la transcriptase inverse sont fournis dans la section S2.

À vue

Cette étude rétrospective a été approuvée sans consentement éclairé par les comités d’examen institutionnels de Hamad Medical Corporation et de Weill Cornell Medicine-Qatar. La notification de cette étude suit les lignes directrices pour le renforcement de la notification des études observationnelles en épidémiologie (tableau S1). Les sponsors de l’étude n’ont joué aucun rôle dans la conception de l’étude, la collecte des données, l’analyse des données, l’interprétation des données ou la rédaction du manuscrit. Tous les auteurs ont contribué à la collecte et à l’acquisition des données, à la discussion et à l’interprétation des résultats et à la rédaction du manuscrit. Tous les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.

analyses statistiques

Bien que tous les enregistrements des tests PCR aient été examinés pour la sélection des cas et des témoins, seuls les échantillons appariés ont été analysés. Les cas et les témoins ont été décrits à l’aide de distributions de fréquence et de mesures de tendance centrale et comparés à l’aide de différences moyennes standardisées. La différence moyenne standardisée a été définie comme la différence entre la moyenne d’une covariable dans un groupe et la moyenne correspondante d’une covariable dans l’autre groupe divisée par l’écart type regroupé, les valeurs inférieures à 0,1 indiquant un accord raisonnable.25

Les rapports de cotes comparant la probabilité d’une infection ou d’une vaccination antérieure, ou les deux, parmi les cas à celle parmi les témoins et les intervalles de confiance à 95 % associés ont été dérivés à l’aide d’une régression logistique conditionnelle. Cette approche analytique, qui comprenait également l’appariement par semaine calendaire du test PCR, minimise les biais possibles dus aux variations de la phase épidémique16:26 et l’introduction de la vaccination pendant la période d’étude.16:26 Les intervalles de confiance n’ont pas été ajustés pour la multiplicité et ne doivent donc pas être utilisés pour dériver des différences définitives entre les groupes d’exposition. Les interactions n’ont pas été étudiées. L’efficacité et les intervalles de confiance à 95 % associés ont été calculés comme étant 1 moins le rapport de cotes d’une infection ou d’une vaccination antérieure, ou les deux, entre les cas par rapport aux témoins.16:17 Le groupe de référence pour toutes les estimations comprenait des personnes sans infection antérieure et sans vaccination.

Une analyse supplémentaire a été effectuée pour examiner les effets d’une infection antérieure, d’une vaccination à deux doses et d’une vaccination à trois doses en fonction du temps écoulé depuis l’événement immunologique (infection ou vaccination antérieure). Cette analyse a utilisé la même approche que l’analyse primaire mais avec une stratification par temps depuis l’événement immunologique le plus récent.

Une personne était considérée comme ayant eu un test positif antérieur si ce test était positif dans le test PCR. Une analyse de sensibilité de l’efficacité contre toute infection omicron symptomatique a été réalisée, cependant, les tests positifs précédents étaient basés sur une PCR positive ainsi que sur des tests rapides positifs pour l’antigène afin de déterminer si l’exclusion des tests rapides positifs pour l’antigène pouvait avoir faussé nos estimations. Les analyses statistiques ont été effectuées à l’aide du logiciel Stata/SE version 17.0 (StataCorp).

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